O tamanho padrão do bloco foi de 512 bytes desde o primeiro Linux. Exceto até recentemente os tamanhos de bloco de 4k foram introduzidos para atender ao tamanho cada vez maior dos discos. Isso é realmente quase ditado pelo hardware do disco (veja mais: link ).
Ainda para sua pergunta específica: você está certo de que todos os arquivos desperdiçam os bytes não utilizados do último bloco em muitos tipos de sistemas de arquivos, o que é particularmente um desperdício para arquivos pequenos. Mas btfrs e reiserfs parecem ser capazes de lidar, de acordo com o link