Eu estou supondo aqui ...
A Canonical teve uma invasão de servidor há cerca de uma semana. (Você notará que os fóruns do Ubuntu estão "em manutenção" mesmo quando eu postei, enquanto eles fazem o controle de danos.)
Eu suspeito que eles também não confiam em seu arquivo e o reduziram até que possam ter certeza de que não estão carregando malware em usuários desavisados.
Se for esse o caso, poder instalar via sudo apt-get pode indicar que eles retiraram o suporte para a ferramenta GUI, mas esqueceram de desativar o serviço de arquivo subjacente. Você pode estar carregando pacotes de software potencialmente corrompidos que eles não pretendiam que você conseguisse acessar.
Se eu estivesse em sua posição, deixaria de usar qualquer coisa que você instalasse via apt-get (não desinstalaria porque poderia ter um mecanismo de desinstalação corrompido) e adiaria a reinstalação até que eles verificassem o arquivo - ou pelo menos explicassem mais completamente. Então eu consideraria a reconstrução do sistema a partir do zero, dependendo do que eles dizem sobre suas descobertas, e certamente tomam quaisquer medidas atenuantes que prescrevem.