Ao contrário do Windows, o Ubuntu tenta detectar os modos de vídeo suportados pelo monitor e escolher automaticamente o melhor (para um monitor TFT, esta seria a resolução nativa).
Eu tive problemas semelhantes com um KVM que faria com que o Ubuntu escolhesse 1024 × 768 em um TFT de 1280 × 1024 e não me permitisse alterar a configuração. Quando conectei o monitor diretamente ao PC, obtive a resolução correta.
Aparentemente, há um monte de KVMs por aí (presumivelmente as mais antigas) que não passam corretamente sinais extras que o sistema operacional usa para obter os modos de vídeo suportados da tela.
Eu não tenho uma solução completa para oferecer, pois eu simplesmente joguei fora meu KVM, já que eu realmente não precisava dele. A melhor abordagem provavelmente seria forçar manualmente uma determinada resolução no servidor X.
Tente pesquisar neste site por "force resolution" ou "force video mode". Minhas tentativas de editar o arquivo de configuração X naquela época não foram bem sucedidas; Algumas respostas aqui sugerem passar uma opção para o GRUB - talvez isso ajude.