Onde você vê a opção "mostrar área de trabalho"?
Não há janelas invisíveis, a menos que um aplicativo as crie. Isso minimizará as janelas. Pode ser possível evitar essa ação se sua janela não permitir minimização .
Além disso, a área de trabalho não pode estar "no topo" porque é a janela pai de todas as janelas criadas pelos aplicativos. Em outras palavras, essas janelas estão dentro da janela da área de trabalho de qualquer maneira. Na verdade, algumas implementações de área de trabalho X11 mostram ícones grandes na janela da área de trabalho quando uma janela (filho) é minimizada.