Foi relatado como um bug ... não foi tão longe (me avise se encontrar um). link
Mas você pode clicar na pasta do cliente e passá-la como um argumento para o script usando variáveis nautilus-scripts e modificar seu script para criar as subpastas nela. Sempre que um script é chamado, o Nautilus define automaticamente um punhado de variáveis que pode ser usado em seus scripts.
NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS - caminhos delimitados por novas linhas para arquivos selecionados (somente se local)
NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_URIS - URIs delimitados por novas linhas para arquivos selecionados
NAUTILUS_SCRIPT_CURRENT_URI - localização atual
NAUTILUS_SCRIPT_WINDOW_GEOMETRY - posição e tamanho da janela atual