Eu tive o mesmo erro.
No meu caso, dependia de xorg.conf
Eu tenho um NvidiaCard dentro do meu laptop, e para outro programa eu criei o arquivo xorg.conf - através do botão "Save to X Configuration File".
A esta altura tudo funcionou bem, mas depois desse crash do Skype após o lançamento. Então eu deletei o arquivo (xorg-conf).
Agora o Skype funciona normalmente, há também a mesma falha - Mensagem no Terminal, mas é executada.