Executar um Reparo de Inicialização do Windows é definitivamente bastante arriscado em sistemas Linux. Você pode atrapalhar qualquer número de coisas, incluindo o MBR e o setor de inicialização.
Felizmente, existe uma ferramenta projetada para se recuperar facilmente desse tipo de problema chamado Boot-repair. Tudo o que você precisa é de um Live CD ou USB do Ubuntu e uma conexão com a Internet. Veja o Guia de reparo de inicialização na documentação da comunidade Ubuntu para ver como instalar a ferramenta em um ambiente ao vivo e, em seguida, basta fazer um reparo recomendado. Se você tiver mais problemas, ele criará um link do script de informações de inicialização que você pode colar aqui.