Você pode excluir todos os arquivos de configuração do Compiz em sua Pasta Pessoal, para que o Compiz os recrie usando os valores defualt. Vá para sua pasta pessoal e exclua as seguintes pastas e arquivos:
~/.cache/compizconfig-1
~/.compiz-1
~/.config/compiz-1
~/.gconf/apps/compiz-1
~/.gconf/apps/compizconfig-1
Se você sair e efetuar login novamente, deverá ter apenas os plug-ins padrão ativados.