A maneira mais fácil de manter todo o código em conjunto é criar um script da Web (autenticado por algum "segredo", para que pessoas aleatórias não possam chamá-lo para você) e chamá-lo do cron usando:
wget -O - http://<yoursite>/cron.php?secret=<mybigsecret>
Então você precisa adicionar uma entrada cron (usando crontab -e), ou apenas colocando um arquivo em:
/etc/cron.d/
com os seguintes conteúdos:
0 3 * * * nobody wget -O - http://yoursite/cron.php?secret=<mybigsecret>
Isso irá chamar o script todos os dias às 03:00, para obter mais informações sobre a sintaxe dos arquivos crontab, por favor consulte a página man crontab (5) (por exemplo, execute "man 5 crontab").