Você também deve instalar as ferramentas do desenvolvedor para libsdl e libsdl-ttf , que fornece os arquivos de cabeçalho e os binários com os quais você fará o link. Eu não sei seus nomes exatos, mas eles terminarão com -dev .
Lembre-se também de que você precisa configurar as opções do vinculador no Eclipse para gerenciar a execução do programa - basta adicionar -lSDL e -lSDL_ttf às opções do vinculador.