Parece-me que você provavelmente montou o ponto de boot para o Ubuntu no Flash Drive, em vez de seu disco rígido ou o sistema de arquivos. Se você executar a instalação novamente, a partir da sua unidade flash, e repare a instalação atual. Ele deve curar seus problemas, embora você precise reinstalar se um reparo não corrigir o problema.
Eu poderia estar falando um monte de bobagens como eu não tive nenhum problema com a inicialização, por isso verifique primeiro que não há melhor olhando para mensagens como Não consigo inicializar sem o Flash Drive conectado