Você não dá muita informação, mas dependendo do programa, você deve experimentar o vinho, ou caixa virtual.
Com o Wine, você pode executar programas do Windows no Ubuntu. Isso nem sempre é possível e às vezes extremamente bugs. Instale o Wine a partir do softwarecenter. Em seguida, clique com o botão direito no arquivo .exe - abra com o vinho.
Caixa virtual instala o Windows no Ubuntu e, em seguida, você pode instalar o programa dentro dele. Isso é muito confortável, porque é executado como uma janela de programa normal no seu Ubuntu Desktop. Instale o VirtualBox a partir do softwarecenter. Instale o Windows dentro (você precisará do CD de instalação). Instale o programa normalmente no Windows.