Eu posso estar aqui completamente errado, mas as configurações de proxy no Linux são armazenadas na variável http_proxy. Se essa variável for definida, os programas usarão isso como configurações.
Por exemplo, se alguém exportar a variável:
export http_proxy='http://username:[email protected]:8080'
e executa qualquer programa que exija web, ele deve passar pelo proxy.
Isso não responde exatamente a sua pergunta (embora se você colocar essa linha em seu arquivo .bashrc em sua casa, isso pode ser uma solução para o seu problema).
Eu suponho que você pode precisar extrair o endereço / porta do próprio arquivo pac. Acesse-o pelo navegador e use a opção "salvar como".