Infelizmente, você precisa manter Eclipses separados para ADT e Java regular. O ADT não joga bem com os outros, como você notou. A melhor coisa a fazer é baixar o Bundle ADT do Google . Isso é pré-carregado e funciona bem.
Para todos os outros Java, você pode usar o Eclipse no Centro de Software, mas é antigo e com bugs. Eu baixaria a versão mais recente do site do Eclipse .