Estou com pouca memória aqui:
$ free -h
total used free shared buffers cached
Mem: 1.9G 1.9G 83M 0B 28M 394M
-/+ buffers/cache: 1.4G 506M
Swap: 2.9G 705M 2.2G
No entanto, Top está mostrando que o único processo de alta memória em execução era o java (NetBeans): (usei a tecla f para selecionar campos, classificar por mem%)
%Cpu(s): 1.0 us, 1.0 sy, 0.0 ni, 96.2 id, 1.7 wa, 0.0 hi, 0.2 si, 0.0 st
KiB Mem: 2031108 total, 1946956 used, 84152 free, 29080 buffers
KiB Swap: 3063548 total, 722128 used, 2341420 free, 404272 cached
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
12825 username 20 0 2309m 704m 18m S 0.0 35.5 19:18.90 java
1488 root 20 0 339m 54m 19m S 0.3 2.7 25:32.13 Xorg
3442 username 20 0 1098m 45m 8416 S 0.7 2.3 6:08.10 unity-panel-ser
22568 www-data 20 0 353m 32m 24m S 0.0 1.7 0:00.82 apache2
22855 www-data 20 0 353m 31m 23m S 0.0 1.6 0:00.34 apache2
Então, o que poderia estar ocupando a memória aqui? no Ubuntu 13.04.
Pelo que vejo na sua lista ps , o java está usando 704MB de RAM física. Mate o PID usando kill -9 12825 .
Você também pode usar ps -eo pid,rss,cmd --sort -rss | head para listar processos por RES para ver qual PID está usando mais RAM.