Ele remove o Ubuntu (ou outro sabor) que você instalou usando wubi.exe e remove as entradas do registro, a entrada de inicialização e as pastas / arquivos que foram colocados em seu computador.
Em outras palavras, ele inverte o que está executando wubi.exe .
Como o Wubi não interfere em como o Windows é inicializado, ele também não pode pará-lo. Assim, você pode instalar e desinstalar com segurança sem afetar o Windows.
Por fim, na sua situação, você instalou o Windows 8 sobre o Windows 7. Isso significa que a entrada de inicialização e as entradas do registro desapareceram. Tudo o que resta é a pasta C:\ubuntu . Portanto, executar wubi-uninstall.exe não funcionará. Para você instalar fresco, basta excluir essa pasta e executar wubi.exe novamente.