Método mais fácil:
tar cz {folder} | openssl enc -aes-256-cbc -e > {folder}.tar.gz.enc
Depois disso, remova a pasta original.
Isto:
openssl aes-256-cbc -d -in {folder}.tar.gz.enc -out {folder}.tar.gz
vai te dar a pasta {compactada} sem uma senha de volta.
Você também pode ir com zip
...
zip -e {name}.zip {files}
zipá-lo-á com uma senha e pedirá ao restaurá-lo.