Isto é freqüentemente usado para diretórios (daí o "d") que contém uma coleção de arquivos de configuração parciais. Todos os arquivos no diretório são combinados, às vezes também com outros arquivos, para fazer a configuração completa. Isso geralmente é feito quando, tradicionalmente, havia apenas um arquivo de configuração (por exemplo, em seu exemplo, sources.list), mas há um desejo de tornar as coisas mais modulares depois.
Como Laurence menciona, os diretórios /etc/rc?.d foram provavelmente uma das primeiras vezes que esse costume foi usado.