É possível usar a mesma partição home para sistemas diferentes, mas eu realmente não recomendaria isso, porque o fedora normalmente tem versões muito mais novas do software do que o Ubuntu, o que poderia causar problemas com os arquivos de configuração ao voltar e entre os sistemas bot. Outro problema que pode ocorrer é que os ids de usuário e grupo estão variando entre os dois sistemas, mas na maioria dos casos com apenas um usuário isso não deve ser um problema, no caso de haver problemas, eu acho que eles podem ser corrigidos por opções de montagem especiais em / etc / fstab, mas não tenho certeza disso.
Eu recomendaria usar a pasta home do Ubuntu como ela é e criar links simbólicos para os dados e arquivos de configuração que você deseja compartilhar entre os dois sistemas. No caso dos arquivos de configuração do thunderbird, isso seria, por exemplo:
ln -s /media/name-of-mount-point/username/.thunderbird /home/username/.thunderbird