O gerenciador de inicialização do Windows não detecta instalações que não sejam do Windows.
Você deve usar o grub. Se você quer um método amigável, tente a ferramenta de reparo de inicialização do site do Ubuntu (link abaixo). Use a imagem inicializável e execute-a em um prático CD USB ou de reposição, pois ela é executada apenas em um ambiente Linux.
Você pode usar este aplicativo para reinstalar o grub2 e reparar muitos erros de instalação. Experimente e volte se tiver problemas.