Sua CPU pode ter superaquecido mais do que o ventilador / dissipador de calor poderia resfriá-lo. O Ubuntu teria, então, o clock da CPU para evitar que ela se queimasse. Teria sido então só 'back up', uma vez que esfriava novamente.
Você pode verificar se o ventilador / dissipador de calor não está obstruído por poeira, o que poderia causar o resfriamento ineficaz e limpar o interior a cada poucos meses da poeira.