A pergunta tem quase um ano, mas eu estava tentando realizar o mesmo, e é bem fácil, então pensei em compartilhar minha solução. Os nomes dos arquivos de miniaturas são gerados simplesmente no campo "id" da entrada de uma imagem no PhotoTable. O id é armazenado como um número decimal, e você simplesmente precisa convertê-lo em hexadecimal.
Isso imprimirá o nome do arquivo na miniatura correspondente de uma imagem (substitua $ path pelo caminho completo da imagem ou altere o critério de correspondência de acordo com suas necessidades):
sqlite3 ~/.local/share/shotwell/data/photo.db "select id from PhotoTable where filename = '$path'" | xargs printf "thumb%016x.jpg\n"