No Gnome 3.4 < você deve ser capaz de iniciar os Programas de Inicialização a partir do Menu Aplicativos ou da Visão Geral se estiver usando o shell. Na maioria dos casos, este pacote já estará presente, pois faz parte do gnome-session
Tente executá-lo com Alt + F2 e digite gnome-session-properties e depois em Enter
e vá para a segunda guia "Opções"
Aqui, você seleciona a caixa de seleção "Lembrar automaticamente os aplicativos em execução ao efetuar logout" e deve lembrar de tudo da próxima vez que fizer login e sair, mas apenas para ter certeza de clicar (se disponível) no Lembrar aplicativos em execução no momento bem e isso fará com que ele salve tudo a partir da sessão atual. A caixa atualmente em execução não está disponível em todas as configurações do Gnome 3.
Quanto ao bug em outro comentário, não vejo nenhuma menção ao Gnome 3 ou ao Ubuntu 12.04, pois não tenho certeza se ele tem algum mérito.