Se você quer dizer que você usou o wubi para instalar o Ubuntu dentro de um sistema de arquivos do Windows, isso não funcionará corretamente com o Windows 8 porque ele não é desligado corretamente. Se você quer dual-boot do Windows 8 e Ubuntu, você deve executar uma instalação real do Ubuntu.
Não use o wubi com o Windows 8. Na verdade; Você pode querer evitá-lo em todas as versões do Windows, pois existem alguns riscos inerentes.