Eu tive esses mesmos problemas com o meu MBP 9,1, mas apenas com os drivers de gráficos Nouveau e meu GPU discreto.
Eu uso o GNOME, que tem uma configuração para "A tampa do laptop, quando fechada, é suspensa mesmo que haja um monitor externo conectado" - ativando isso, deixe a minha máquina dormir bem. Infelizmente, não sei se há um análogo a essa configuração em outros ambientes.
O pendente no velório foi corrigido quando instalei os drivers gráficos nVidia proprietários executando
jockey-text -e kmod:nvidia_313_updates
Eu tentei nvidia_310_updates e nvidia_313_updates, ambos funcionaram.
Espero que isso ajude ou que você já tenha trabalhado. Eu tive muita dificuldade em encontrar soluções quando estava tentando fazer com que as coisas funcionassem nessa máquina também.