Confira o instalador do WUBI: link
Isso dá a impressão de que você está instalando o Ubuntu 'sobre' seu sistema operacional existente. Na realidade, é apenas uma ferramenta bacana que substitui o legwork necessário para seguir a antiga rota de ter uma configuração de 'inicialização dupla' na qual você tem uma partição de disco separada (ou disco físico) para cada SO que você deseja. Há uma tela de seleção (chamada de bootloader) após o BIOS, no ponto em que você pode selecionar qual sistema operacional deseja inicializar.
A única maneira de realmente ter um SO 'sobre' outro sistema operacional é usar algum tipo de virtualização. Existem muitas opções aqui. Se você quiser seguir esse caminho, seria melhor fazer alguma pesquisa e voltar aqui com perguntas:)