Veja como faço isso no meu sistema:
Instale pavucontrol com sudo apt-get install pavucontrol . Em seguida, inicie-o com pavucontrol ou encontre PulseAudio Volume Control no menu.
Vá para a guia Input Devices e, na parte inferior, selecione Show: All Input Devices na lista suspensa.
Em seguida, clique no carrapato com a dica de ferramenta Set as fallback ao lado da saída do monitor da sua placa de som. Isso deve tornar essa fonte a fonte padrão e agora o Skype usará esse dispositivo de entrada para gravar. Não tenho certeza se o Skype registrará isso enquanto você estiver em chamada.
