Eu gosto da sua pergunta! Mas eu não acho que haja um caminho direto para isso. Eu sugiro uma solução alternativa.
Você pode criar 2 partições - a primeira, fat32 (para windows) e a segunda, ext2 (para você). Como o Windows só reconhece uma partição por unidade flash, ela não reconhecerá sua partição ext2 e, portanto, não a formatará.
Portanto, se alguém ligar o seu Usb no Windows, os seus dados não serão apagados.
Também acho que ext2 ou ext3 é melhor para flash drives em vez de ext4.
Você poderia criar essas duas partições usando o Gparted.
No entanto, fazer com que mais de uma partição não seja bem suportada, use-a com cuidado e somente quando precisar.
E, como sugerido, faça sempre backups!