Eu tenho o mesmo problema, mas em 12.10 Ubuntu Remix Gnome. Spotify e VLC estão bem, mas o Youtube está agitado.
Chocolate Rain no Youtube parece normal em vez de escuro xD
EDITAR:
Se eu for para as configurações de "Som" e escolher outra opção aleatória nas configurações e, em seguida, voltar para a saída analógica estéreo, o tom agudo desaparecerá, a chuva de chocolate será novamente escura e agradável. Ele costuma voltar depois de uma semana ou mais.