Esse arquivo apresentará as opções para onde você deseja instalá-lo. Quando você chegar a esse ponto, certifique-se de selecionar para instalá-lo no pen drive e deixar o disco rígido do MBP sozinho. Provavelmente, o disco rígido do MBP aparecerá como sda
, mas certifique-se de que os números de tamanho sejam iguais.
Quando o Ubuntu perguntar se você deseja gravar no registro mestre de inicialização da unidade principal, NÃO DIGUE SIM.
Eu suspeito, no entanto, que o Ubuntu já está instalado no pen drive e que o arquivo Install Ubuntu não foi excluído, já que você não instalou o Ubuntu através de métodos "tradicionais". Você pode não precisar fazer nada além de excluir o arquivo.