O Wubi é inicializado por meio do Gerenciador de Inicialização do Windows e grub4dos . O local onde você instala o Wubi, seja a partição C: , D: ou uma partição USB externa não importa. Não é inicializável sem um gerenciador de inicialização.
Ao inicializar a partir do USB, o seu BIOS está verificando um gerenciador de inicialização no registro mestre de inicialização, e isso não é algo que o Wubi irá adicionar.
O que você precisa fazer é inicializar o Windows normalmente com o USB conectado e, em seguida, selecionar o Xubuntu no gerenciador de inicialização do Windows e grub4dos (como wubildr.mbr ) deve encontrar o Grub 2 (no wubildr ) e em seguida, localize o Xubuntu root.disk e carregue-o a partir do USB.