Para poder alterar qualquer arquivo do gerenciador de arquivos, use:
sudo nautilus
Para executá-lo em segundo plano, use:
sudo nautilus &
Para alterar os arquivos para que você sempre tenha acesso a eles, clique com o botão direito do mouse em cada pasta, clique em Properties
e depois na guia Permissions
e altere as permissões na lista suspensa para seu nome de usuário em vez de raiz. Certifique-se de ler e escrever no diretório. Isso não é seguro para a maioria dos arquivos de configuração.
Para poder alterar apenas o que você está trabalhando, você deve sempre iniciar um terminal para esse usuário que pode alterar apenas as coisas que você precisa. Isso é o que torna o Linux seguro. Essencialmente para um servidor (wwww). Em seguida, inicie as GUIs desse usuário. (Como nautilus ou o editor de texto). Para poder alterar os arquivos na pasta www use:
sudo su - www-data -s /bin/bash
(abre um novo shell bash dentro do shell com o usuário www-data)
A partir daqui, você pode fazer coisas como:
gedit &
(isso inicia o editor de texto gedit em segundo plano com o qual você pode editar todos os arquivos na pasta www. Você pode usar qualquer outro editor. Depois disso, você pode fechar o terminal se não quiser depurar info.)
Se você criou novos arquivos na pasta www com root, esses arquivos terão raiz como usuário e grupo, você deve alterá-los para www-data.
www-data também pode ser www ou outro usuário.
A melhor maneira ainda é copiar, editar com o usuário normal, fazer backup e copiar de volta com permissões de usuário e alteração privilegiadas. Mas eu posso ver porque você não quer fazer isso todas as vezes.