Como o soulsource disse, sempre instale o windows, então instale o ubuntu. O Ubuntu reconhece o Windows e configura o Boot Manager.
jMas quando você tem 2 discos separados, basta instalar o Win7 no SSD de 512GB, conecte-o. Instale o Ubuntu em 32GB. desligue, conecte, inicialize e selecione o dispositivo inicializável no BIOS para inicializar. Se você escolher 512GB SSD no BIOS, boot win7, se você escolher 32GBSSD, inicie o Ubuntu. A maioria das versões do Bios possui teclas de atalho para isso. O meu tem F11.
Com esse método, você evita qualquer problema, os gerentes de inicialização podem criar.