Em caso afirmativo, você pode especificar uma posição de janela na inicialização com os plugins "Place Windows" do Compiz: "Sistema - > Preferências - > Gerenciador de configurações do CompizConfig - > Gerenciamento de janelas - > Colocar o Windows"
Tente ajustar o "Modo de Posicionamento" primeiro (guia "Geral"), parece que você selecionou "Centro", o padrão é "Inteligente".