Uma maneira eficaz seria criptografar essa partição.
Dê uma olhada em luks
e cryptsetup
. Você encontrará muitas informações sobre isso quando o Google for usado.
Se bem me lembro, o nautilus pedirá a senha quando você clicar na unidade ainda não desbloqueada. Se isso não funcionar, você pode sempre criar um script de shell para essa tarefa.
Essa deve ser a solução mais direta e segura para o seu problema. Se você precisar de mais ajuda, me avise.
Boa sorte!