Tente forçar o sorteio de tela cheia.
apt-get install compizconfig-settings-manager
Há na seção Soluções alternativas opção de verificação Forçar redesenhos de tela cheia (troca de buffer) na repintura
Ou você pode experimentar estes dois:
Corrigir atualizações de tela no XGL com fglrx
Forçar a sincronização entre X e GLX