Você precisa criar um lançador para ele.
Para fazer isso, use uma ferramenta semelhante a alacarte
. Pesquise seu aplicativo *.exe
e escreva wine
na frente dele.
Para que o comando em seu novo lançador seja semelhante a:
wine /path/to/my/exe/file.exe
Depois de criar um arquivo da área de trabalho, ele será exibido no menu Abrir com ...