Você provavelmente substituiu o setor de inicialização. Eu digo isso com base no fato de que você diz que ainda pode ver todos os seus arquivos.
O que você precisa fazer é restaurá-lo.
Se você tiver um DVD de instalação do Windows disponível (e estiver executando o Windows 7), siga as instruções encontradas em este artigo How-To-Geek . Isso vai deixar você com um computador que inicializa no Windows normalmente. Por favor, seja especialmente cuidadoso ao executar estas etapas, pois se você clica por engano na coisa errada uma segunda vez, corre o risco de perder seus arquivos.
Se você não tiver um DVD de instalação do Windows disponível, ou usar outra versão do Windows, atualize sua pergunta para nos informar, e provavelmente alguém poderá fornecer uma resposta para esse caso.