Eu consertei usando a ferramenta Unity Tweak ...
Eu instalei ubuntu-gnome
package, depois modifiquei os temas do Unity, e esse botão está desalinhado agora.
Antes
Depois
O que devo fazer?
Note que estou usando o 13.04.
Tente executar este comando:
$ gconftool-2 --set "/apps/metacity/general/button_layout" --type string "close,minimize,maximize:"
Abra o editor dconf. Navegue até os apps > metacity > opção geral na janela do lado esquerdo e, em seguida, localize a opção button_layout na janela principal do lado direito. Dê um duplo clique nessa opção e defina seu valor para "fechar, maximizar, minimizar: menu" sem os "'s.