Isso dependeria do serviço específico ao qual você está se conectando, já que os clientes Linux não têm controle sobre o que um servidor faz quando é informado que você está on-line. Alguns (bate-papo do Facebook, por exemplo), simplesmente não oferecem a opção de aparecer seletivamente como on-line ou off-line - e não há nada que qualquer cliente (seja executado no Linux ou no Windows) possa fazer a respeito.
Se você está dizendo que há um recurso específico do serviço Windows Live que permite isso, então não sei quais clientes Linux suportam. Mas se não estiver disponível em Pidgin ou Empathy (o que não acredito), duvido muito que esteja disponível em outros.