A conta raiz não está desativada, está bloqueada.
O método preferido é usar o sudo, especificamente sudo -i
Veja: link
Você pode executar aplicativos gráficos com gksu , ele precisa ser instalado em 13.04
sudo apt-get install gksu
Você sempre pode inicializar em um shell de root iniciando no modo de recuperação e caindo em um shell de root.
Você pode usar ssh como root usando chaves ou definindo uma senha.