Uma vez que você chown para o proprietário root e grupo www-data, a fim de acessar essa pasta você tem que ser o usuário root, ou no grupo www-data.
Você pode se adicionar ao grupo de dados www fazendo isso.
usermod -a -G www-data [your username]
Ou você pode usar o sudo para realizar qualquer tarefa como root.
sudo ls -l /var/www/example.com
Ou, claro, se você não permitir que o root o possua, o que não deveria ser motivo para isso.
chown [your username]:www-data /var/www/example.com