Primeiro, certifique-se de que o gerenciador de atualização, o synaptic, etc ... estejam todos fechados e não sendo executados em algum lugar.
Em seguida, abra um Terminal e digite os seguintes comandos:
sudo mkdir /var/lib/apt/lists/partial
sudo dpkg --configure -a
sudo aptitude update
sudo aptitude upgrade
sudo aptitude install -f
Depois disso, tente abrir o gerenciador de atualização de abertura.
HTH.