Eu tive um problema semelhante no meu laptop Acer Aspire 5750G (Intel Core i5-5410M e NVidia). Eu vi apenas 2 núcleos no System Monitor, e esses 2 núcleos foram cerca de 80 graus Celsius (e muitos outros problemas)
Eu aprendi que minha NVidia e sua tecnologia Optimus causaram todo o meu problema.
depois que eu desabilitei a placa gráfica na bios, e inicializei com a remoção de acpi = off, todos os 4 cpus estavam visíveis e as temperaturas se tornaram aceitáveis (cerca de 50 c, assim como no windows7)
eu encontrei a solução aqui
Espero que isso ajude.