Existe uma ferramenta chamada Skype-wrapper que usa o sistema de notificação nativo do Ubuntu.
Para instalar o wrapper do Skype, digite os seguintes comandos em um terminal.
sudo add-apt-repository ppa:skype-wrapper/ppa
sudo apt-get update && sudo apt-get install skype-wrapper python-skype
Nota: O PPA acima, no momento da escrita, tem pacotes somente para 10.10, 11.04, 11.10 e 12.04.
Depois de instalar o skype-wrapper, abra o Skype e faça o login. Em seguida, abra o skype-wrapper e permita que ele use o Skype clicando no botão "Sim". Selecione a opção "Lembrar esta seleção" se não quiser repetir essa etapa toda vez que usar o wrapper skype.
Após autorizar o skype-wrapper a usar o Skype, você terá notificações nativas e notificações reais do Skype. Para desativar as notificações do Skype, abra o Skype e vá para as opções & gt; notificações e desabilitar todos os tipos de notificação disponíveis. Desativar as notificações dentro do Skype não desabilita as notificações nativas do wrapper do skype.
Link útil:
Como adicionar o Skype ao sistema de mensagens do Ubuntu menu