Você pode definir e exportar o PATH e outras variáveis de ambiente no script ~/.xprofile
e tornar o java visível para a sessão X. Você deve relogar para o servidor X depois.
export PATH="$PATH:/path_to_jre/bin"
Você também pode ter o mesmo resultado modificando /etc/environment
. Você deve reiniciar depois.
PATH="...:/path_to_jre/bin"
Verifique sua variável PATH com o comando env.
env | grep PATH