Eu tive esse problema agora com dois aplicativos, ambos usam o libappindicator para exibir seus ícones indicadores (acredito). A primeira vez que tive esse problema foi com Ubuntuone-indicator app, agora tenho esse mesmo problema com o Sparkleshare, então acho que deve estar relacionado. Eu apenas recompilei e instalei o sparkleshare 1.0 da fonte na noite passada, pensei que poderia ser o problema. Ainda é a mesma coisa.
Tudo funciona bem no Gnome, mas quando eu entro no XFCE ele me dá o problema do ícone que está faltando. Poderia ser tão simples como um ícone fora do lugar? Se sim, para onde eu movo os ícones?
Seu tema / pacote de ícones não sabe onde esses ícones estão. A maneira mais fácil de corrigir isso é apenas especificar qual ícone usar.
Eu adicionei uma pasta .icons e .themes ao meu diretório home e soltei os ícones lá.
Se você não quiser alterar o conjunto de ícones, pode ir para o que deseja alterar e editá-lo diretamente em /user/share/icons/<setname>
Se você copiou ícones para uma pasta diferente (ou simplesmente adicionou / atualizou ícones) você precisará atualizar o cache de ícones: link