Existem várias opções para copiar arquivos. Qual deles você usa depende de suas necessidades e preferências.
Se você estiver tentando compartilhar um arquivo grande com outra pessoa (ou várias pessoas), a solução mais simples pode ser usar um cliente bittorrent (a Transmissão já pode estar instalada no sistema) para criar e compartilhar uma torrente de arquivos . Seria uma boa ideia comprimir os arquivos primeiro como sugerido pelo user160222.
Procure configurar um servidor FTP se quiser criar um diretório de arquivos para permitir o acesso contínuo a usuários remotos.
Se você tem acesso shell (SSH) às máquinas locais e remotas, você pode usar o scp com a opção de copiar recursivamente diretórios e seus conteúdos.