A instalação normal do Ubuntu deve funcionar bem em um stick 4G (mesmo que ele afirme que precisa de mais).
Configure sua mídia de instalação, um USB ou DVD de 1-2G, depois inicialize-o e insira seu stick 16G de destino. Selecione o stick 16G como alvo de instalação e ele deve funcionar.
Eu uso ext2, sem swap, e alinho as partições para 4M (começo no setor 8192). Eu ouvi pessoas recomendarem ext4 sem journaling mas nenhuma experiência com isso. Eu coloquei / tmp e / var / log em ram para melhor desempenho (entradas fstab), coloque noatime no arquivo raiz
sistema para evitar gravações apenas para acessar arquivos e vincular alguns outros diretórios a / tmp, como / var / cache / apt / archives. Não sei o erro que você encontrou. Um cuidado, o grub.cfg será criado com dispositivos errados, então ele não será inicializado até que você os corrija (bug arquivado há muito tempo). O dispositivo errado costumava ser um muito alto (porque quando a mídia de instalação USB é removida, todos os discos sobem um lugar (o CDROM evita esse problema).