Até onde eu sei, o applet do Ubuntu One foi integrado ao menu 'me'. Na parte inferior do menu me você verá algo como:
Chat Accounts...
Broadcast Accounts...
Ubuntu One...
Clique em 'Ubuntu One ...' para editar as preferências do Ubuntu One. Outras ações são feitas no nautilus. Você pode clicar com o botão direito do mouse em um arquivo / pasta (em sua pasta pessoal) e clicar em "Sincronizar no Ubuntu One", por exemplo.